На территории расположения национального парка люди жили с древнейших времен, о чем свидетельствуют стоянки периода каменного века, найденные при раскопках в связи с проектированием Иштугановского и со строительством Нугушского и Юмагузинского водохранилищ. В зоне затопления Юмагузинского водохранилища было выявлено 19 археологических памятников каменного, бронзового и раннего железного века, кроме того, из 20 осмотренных пещер в десяти обнаружены следы пребывания древнего человека, из них к уникальным были отнесены восемь стоянок каменного века, содержащих слои эпохи мезолита, неолита и энеолита и датируемых возрастом от 15 до 4 тысяч лет до н. э. 

В отложениях пещер Муйнак-Таш и Байслан-Таш сохранились остатки всех исторических эпох от современности до палеолита. Найдены материалы средневековья и раннего железного века, обнаружены каменные изделия эпохи верхнего палеолита (13-14 тыс. лет) и кремневые изделия эпохи нижнего палеолита (более 30 тыс. лет). Обнаруженные находки свидетельствуют о том, что пещера Байслан-Таш была заселена раньше всемирно известной Каповой пещеры с палеолитическими рисунками. Пещера Байслан-Таш находится на правом берегу реки Белая в окрестностях хутора Акбута, вход располагается в известняковой скале. В пещере имеются два входных отверстия и три обширных подземных зала, соединенных между собой узкими переходами, ледяные столбы, не тающие круглый год. Урочище Муйнак-Таш, или, как его еще называют, «Чертов палец» - природный объект со скалой-останцем Муйнак, карстовой формой долины ручья Зириклы и пещерой Театральная, которая соединяет южный склон массива и ущелье Кызларялан. Урочище находится в восьми километрах от хутора Акбуты вниз по реке Белая на правом берегу. Когда подплываешь к Муйнак-Таш, его очертания несколько напоминают фигуру собаки. За крутым поворотом, который делает река у скалы, отчетливо вырисовываются два огромных каменных столба. Один из них очень массивный, другой гораздо ниже и тоньше, суживающийся к вершине, очень причудливой формы. На большом столбе у вершины заметна белая полоска - кайма. О Муйнак-Таш в прежние времена нередко разбивались барки.

Археологические исследования последних лет позволили выявить новые находки на стоянке Сергеевка: обнаружены кости лошади, бизона, оленя, носорога и мамонта, а также многочисленные орудия труда. Новым объектом для исследователей стала пещера в логе Иманай. Первая радиоуглеродная датировка костей малого пещерного медведя показала возраст около 30 тыс. лет. Недавно найдено большое количество костей пещерных львов и медведей, возраст которых составляет от 30 до 50 тыс. лет. Изучаемая пещера посещалась не только животными, но и людьми каменного века. Судя по найденным артефактам, нугушский человек начал обживать эту территорию еще 70 тыс. лет назад.