В целях обеспечения основной и предпринимательской деятельности в парке образованы следующие структурные подразделения:

• отдел охраны территории парка
• отдел экологического просвещения
• научный отдел
• отдел развития туризма
• лесной отдел
• отдел хозяйственной деятельности и материально-технического обеспечения
• отдел бухгалтерского учета и отчетности
• отдел правовой и кадровой работы
• канцелярия

Общая штатная численность сотрудников парка составляет 80 человек.

В границах парка приказом Рослесхоза от 29 февраля 2008 г. № 59 "Об определении количества лесничеств на территории государственных природных заповедников и национальных парков и установления их границ"образовано лесничество "Национальный парк "Башкирия". Территориально лесничество делится на два участковых лесничества: Бельское (с конторой в с.Нугуш Мелеузовского района РБ) и Иргизлинское (с конторой в д.Иргизлы Бурзянского района РБ).

Деятельность парка осуществляется в соответствии с государственным заданием и прогнозными показателями по основной деятельности, утвержденными Департаментом государственной политики и регулирования в сфере охраны окружающей среды и экологический безопасности Минприроды России.

Административное здание, в котором расположены основные структурные подразделения и визит-центр, находится в селе Нугуш в 46 км от районного центра - г.Мелеуз. В парке имеются три пчелопасеки, конный двор, лесопитомник, сувенирный цех и пилорама.