Научный отдел был создан в 2002 году, через 16 лет со дня образования национального парка. В его задачи входит: исследование и накапливание материалов о природном комплексе территории парка, внедрение научных методов сохранения биологического разнообразия, природных объектов в условиях рекреационного использования, создание основы для эколого-просветительской деятельности, развития регулируемого туризма. Таким образом, научная деятельность выполняет обслуживающую функцию для обеспечения устойчивого управления территорией. Научно-исследовательские работы в парке осуществляются на основе утвержденного перспективного плана, который включает основные темы исследований: инвентаризация флоры и фауны – учет и составление списков живых организмов, растительных сообществ, важнейших местообитаний редких и исчезающих видов, изучение почв, экологический мониторинг, внедрение ГИС технологий.

За период работы отдела опубликовано более 50 научных статей и тезисов в региональных, российских и международных научных сборниках, в газетах и журналах вышло около 70 научно популярных статей, подготовлено и выпущено 22 научных сборника и методических пособия. 

Завершен первый этап инвентаризации флоры и фауны Систематизирована вся растительность парка и заложены 13 постоянных пробных площадей.