Преобладающим типом растительности на территории национального парка "Башкирия" являются широколиственные леса. В центральной части парка из-за труднодоступности сохранились массивы старовозрастных лесов, где можно встретить много старых дуплистых деревьев, валежа, являющихся местообитанием для многих видов и повышающих биоразнообразие данной местности. В долинах многочисленных рек и ручьев формируются труднопроходимые пойменные ольхово-черемуховые леса (урема)Небольшими массивами на склонах встречаются сосновые и сосново-березовые леса. Очень маленькими участками по северным крутым склонам берегов горных речек сохранились реликтовые темнохвойные сообщества.

В сложении растительного покрова парка некоторую роль играют степные сообщества, покрывающие выпуклые верхние и средние части пологих склонов. На каменистых склонах хребтов различной крутизны и экспозиции, вдоль лесных опушек, а также в комплексе с типичными и каменистыми степями встречаются кустарниковые степи. Кроме степей, к коренным типам травяной растительности парка следует относить наскальные сообщества и сообщества осыпей.

Луга национального парка можно разделить на два типа - влажные и остепненные. Влажные луга сформировались в долинах рек Белая и Нугуш, а также в долинах мелких речек и крупных ручьев. Уникальные сообщества прибрежных лугов относятся к коренному типу растительности.

Всего на сегодняшний день на территории парка выявлено около 800 видов высших сосудистых растений, что составляет 45% всей флоры Республики Башкортостан. Установлено наличие 125 видов, считающихся в Предуралье и на Южном Урале редкими. Из этого списка 55 видов являются объектами государственной охраны и включены в Красные книги разного ранга.

Лихенофлора парка к настоящему времени составляет 264 вида лишайников и систематически близких нелихенизированных грибов. Три вида лишайников занесены в Красные книги разного ранга. 

В национальном парке выявлен 171 вид мохообразных. В Красную книгу Республики Башкортостан занесены 9 видов, три вида из этого списка включены в Красную книгу мохообразных Европы.